– DNA-viivakoodit kaikille eliölajeille –    
           
 

> Hankkeet eliöryhmittäin


AVAINLINKKEJÄ:
>> BOLD-tietokanta

 

 

 

| Hankkeet | Ohjeita näytteiden valmistamiseen |


Ohjeita näytteiden valmistamiseen DNA-viivakoodausta varten

Viivakoodien tuottaminen on suhteellisen helppoa – FinBOL toimii koordinoijana
DNA-viivakoodeja on suhteellisen helppo tuottaa molekyylibiologian alan tutkimuslaboratorioissa. DNA-viivakoodisekvenssin tuottaminen edellyttää DNA:n emäsjärjestyksen lukemista DNA-sekvensaattorin avulla. FinBOLin puitteissa monien eliöryhmien DNA-viivakoodeja voidaan valmistaa Canadian Centre for DNA Barcoding (CCDB) -instituutissa iBOLin rahoituksen turvin. Näytteiden toimittamisessa sekvensoitavaksi noudatetaan CCDB:n ohjeistusta. Ohjeet ja tarvittavat lomakepohjat löytyvät täältä. FinBOL koordinoi näytteiden toimittamista Kanadaan sekvensointia varten ja huolehtii mm. siitä, ettei samoja lajeja sekvensoida tarpeettoman useita yksilöitä.

Näytteiden valmistelussa Kanadassa tehtävää DNA-viivakoodausta varten on otettava huomioon muutama keskeinen seikka. Ensinnäkin jokaisen näytteen yhteyteen tulee liittää yksilöllinen koodinumero, jonka avulla sekvenssi voidaan yhdistää varmenneyksilöön (voucher). Sekvensoitavia näytteitä voi toimittaa CCDB:hen ainoastaan heidän toimittamissaan kuoppalevyissä (95 näytettä/levy). Näytelevyjen yhteydessä täytetään CCDB Plate Record file -tiedosto. Varmenneyksilöt tulee kuvata ja ne tallennetaan mieluiten julkisiin kokoelmiin (myös yksityiskokoelmissa säilyttäminen on mahdollista). Yksilöiden kuvauksen yhteydessä täytetään CCDB:n Image file –tiedosto ja noudatetaan CCDB:n ohjeistusta. Näytteistä tallennetaan lisäksi taksonominen tieto sekä keräystiedot CCDB:n Data submission -lomakepohjalle. Kaikki em. tieto tallennetaan BOLD-tietokantaan, jonne tulee myöhemmin myös sekvenssitieto. Näytteiden toimittamisesta CCDB:hen sekvensointia varten on etukäteen sovittava FinBOLin koordinaattorin kanssa, joka toimittaa myös kuoppalevyjä. Koordinaattori avustaa näytteiden valmistamiseen liittyvissä kysymyksissä.

Ohjeita CCDB:n Data spreadsheet -lomakkeen täyttöä varten.

CCDB:n ohjeistusta yksilön tietojen syöttämisestä lomakepohjalle tulee noudattaa kirjaimellisesti. Koska käytännöt eri maissa vaihtelevat, hiukan sovellettu ohjeistus ko. lomakkeen eri kenttien täyttöä varten on tarpeen:

Sample ID: Ehdottoman yksilöllinen koodi, joka annetaan jokaiselle yksilölle ja kiinnitetään näytteen yhteyteen. Sample ID:n avulla sekvenssitieto voidaan yhdistää konkreettiseen yksilöön.

Field ID: Tätä kenttää ei ole pakko täyttää, voidaan täyttää mikäli tutkijalla on käytössä tällainen järjestelmä.

Museum ID: Luonnontieteellisen museon yksilölle antama koodi. Tyypillisesti Sample ID liitettynä museon käyttämään uniikkiin koodiin. Voi olla myös sama kuin Sample ID (yksityiskokoelmanäytteet).

Collection Code: Luonnontieteellisen museon virallinen lyhenne (esim. Luonnontieteellinen Keskusmuseo on MZH). Ei pakollinen

Institution storing: Yksilön tallennuspaikka. Voi olla myös yksityiskokoelma. Tällöin tämä täytetään muodossa ”Research Collection of NN”.

Phylum: Pääjakso

Class: Luokka

Order: Lahko

Family: Heimo

Subfamily: Alaheimo (ei aina erikseen nimetty)

Genus: Suku

Species: Sukunimi + lajinimi (huom. 1: ei pelkkä lajinimi; huom 2: määritys lajitasolle suotavaa, mutta ei pakollista; huom. 3: ei saa käyttää ?-merkkiä, epävarmassa tapauksessa lajin voi ilmaista muodossa Actebia nr. fennica)

Identifier: Näytteen määrittäjä

Identifier E-mail: Määrittäjän sähköpostiosoite

Identifier Institution: Määrittäjän työorganisaatio (ei pakollinen)

Sex: Sukupuoli (male/female) (ei pakollinen)

Reproduction: lisääntymistapa (sexual, asexual tai cyclic parthenogen)

Life stage: yksilön kehitysvaihe (adult/immature)

Extra info: muuta tietoa. Lyhyt kenttä, jonka saa näkyviin puissa, max. 50 merkkiä

Notes: Lisätietoja. Vapaa kenttä, mihin voi lisätä mitä vain tarpeellista informaatiota, esim. ravintokasvin.

Collectors: Kerääjät pilkulla erotettuna (huom. ei saa käyttää esim. &-merkkiä)

Collection date: keräyspäivä 01-Jan 2005 -muodossa. Voi laittaa myös muodossa 1.1.2005, joka on helppo konvertoida oikeaan muotoon (huom: ei voi laittaa jaksoa tai pelkkää vuotta. Jaksoissa voi käyttää esim. alituspäivämäärää. Jos jakson, vuoden tms. haluaa ilmaista, se tulee lisätä ”Notes”-kenttään).

Continent/Ocean: Maanosa (esim. Europe)

Country: Maa (esim. Finland)

State/Province: Maakunta, ei kuitenkaan Suomessa käytettävät luonnontieteelliset maakunnat. Käytännössä tämän kohdan voi jättää avoimeksi. BOLD käyttää eri maakuntajakoa.

Region: Vakiintuneen käytännön mukaan tähän laitetaan luonnontieteellinen maakunta lyhentämättömänä ja latinankielisena, esim. Tavastia australis

Sector: Kunta

Exact site: tarkempi paikka, vapaamuotoinen

Latitude, Longitude: Leveys- ja pituuspiiri. BOLD käyttää ainoastaan desimaalimuotoisia gps-koordinaatteja. Yhtenäiskoordinaattien konvertoiminen leveys- ja pituuspiireiksi onnistuu hyvin helposti tämän Excel-työkalun avulla xl-icon .

Elevation/Depth: korkeus merenpinnasta (ei pakollinen)

 

 


 
         
 

© 2012, FinBOL – Finnish Barcode of Life